盐酸聚六亚甲基双胍中的甲基胍本身具有很高的活性，使聚合物呈正电性，容易被细菌、病毒所吸附，从而抑制了细菌、病毒的分裂功能，使其丧失繁殖能力，而且聚合物的形成堵塞了微生物的呼吸通道，使微生物窒息而死。
用β-半乳糖苷酶活性分析、异硫氰酸荧光素酯共焦激光扫描显微镜、自动扫描电子显微镜和透射电子显微镜等方法研究聚六亚甲基胍盐酸盐对大肠埃希菌细胞膜损伤机制，结果显示低剂量的聚六亚甲基胍对细菌外膜有轻微损害，增加了细胞膜的通透性，但未发现细胞有明显的形态学损伤。高剂量的聚六亚甲基胍则使膜结构塌陷，导致跨膜气孔形成，严重损害细胞内结构，细胞膜破裂，细胞内物质外泄。
应用
1．医学消毒
聚六亚甲基胍消毒剂对细菌繁殖体、真菌及部分病毒均具有良好的杀菌效果，但由于单方水溶液受诸多因素影响，目前聚六亚甲基胍类化合物作为医用消毒剂主要与醇类及其他增效成分进行复配。复配后的胍类消毒剂不仅提高了杀菌效果，而且也降低了不良反应，更便于推广应用。有学者对聚六亚甲基双胍与双癸基二甲基氯化铵、苯扎溴铵、乙醇、醋酸氯己定复方的可能性进行了研究，结果表明，复方聚六亚甲基双胍消毒剂均具有更好的杀菌效果。
2．瓜果蔬菜及餐具消毒
使用聚六亚甲基胍消毒剂对餐具进行消毒，作用5～lOmin即可使餐具表面的细菌总数和大肠菌群符合国家相关卫生标准要求。盐酸聚六亚甲基双胍和醋酸氯己定复配消毒液浸泡黄瓜，30min后可使表面污染的大肠埃希菌对数值下降3．35，对瓜果蔬菜表面自然菌的杀灭效果也很好。聚六亚甲基胍消毒剂在果蔬消毒方面与含氯消毒剂或过氧化物类消毒剂相比，其毒性、腐蚀性、刺激性都低得多，更利于环保。
3．水产养殖业消毒
按照农业部2002年版《渔药临床试验技术规范》检测方法，对含量为250g/L的聚六亚甲基胍消毒液进行了杀灭致病弧菌效果观察和对海产养殖动物的毒性研究，研究发现聚六亚甲基胍对副溶血弧菌、溶藻弧菌、漂浮弧菌、哈维弧菌、鳗弧菌及沙蚕弧菌有极好的杀灭效果，对杂色鲍、对虾、大菱鲆和刺参的发育和存活亦无毒性作用，可用于海产养殖环境消毒。在水循环处理过程中加入该产品，可增强水的活性，减少水中的氨和磷酸盐，控制藻类生长，自然平衡海参池、鱼虾池的生态系统。
另外，盐酸聚六亚甲基胍在国外还广泛地应用于饮料、啤酒及食品生产过程中对管道、容器及厂房地面的消毒，用于湖水、水塘、冷却塔、喷泉除藻。还可应用于石油开采和各类建筑材料内部和表面的防霉问题。
