1 在肉制品中的应用
由于红曲色素具有的着色性能和的抑菌作用，可替代亚硝酸盐作为肉制品着色剂，已广泛地应用于肉制品中。红曲色素与亚硝酸盐的着色原理完全不同：亚硝酸盐是与肌红蛋白形成亚硝基肌红蛋白，而红曲色素是直接染色。两者都能赋予肉制品特有的。肉红色。和风味，抑制有害微生物的生长，延长保存期，但红曲色素的应用安全性更高。在腌制类产品中添加红曲色素后，完全可以将亚硝酸盐量减少60%，而其感官特性和可贮性不受影响，颜色稳定性也远优于原产品。
2 在调味品中的应用
糖化增香曲（酱油专用）就是以红曲为出发菌种而制得的复合红曲菌种，在酱油酿造中使用糖化增香曲，可使原料全氮利用率和酱油出品率明显提高，同时酱油鲜艳红润、清香明显、鲜而后甜，质量优于普通工艺酱油。
将红曲色素粉直接加入到酱醅中参与发酵，研究发现明显提高了酱油的红色指数，改善了酱油的风味。
4 在腌制蔬菜中的应用
在传统生产中常使用酱油作为着色剂加工腌菜，使酱腌菜的色泽更诱人。红曲色素可以作为腌制蔬菜中外加色素，通过物理吸附作用渗入蔬菜内部。蔬菜细胞在腌制加工过程中，细胞膜变成全透性膜，蔬菜细胞就能吸附其他辅料中的色素而改变原来的颜色。
5 在面制品生产中的应用
红曲色素在面制品生产中的应用，如生产红曲饼干、红曲面包、糕点、红曲面条等。
在面包生产中，添加红曲水浸提液时，其添加量的不同对红曲面包的色、香、味及口感影响不是很大，仅仅是随添加量的增加，其颜色有所加深变红。与直接添加红曲粉相比，各方面均有观，尤其在香味方面，与不加红曲提取液制成的面包相比，更加清新独特。
